يعتبر التنفس أحد التفاعلات الأساسية في الجسم لإنتاج الطاقة اللازمة لعمل الجسم، فلا يوجد أي نوع من أنواع الكائنات الحية لا تقوم بعملية التنفس بما فيها الفطريات، فالفطريات تعتبر من الكائنات التي تتشعب بشكل كبير من أنواع الفطر المختلفة والخميرة وغيرها الكثير، لذلك تختلف الفطريات في تركيبها بين أنواعها المختلفة وتختلف في طريقتها في تحليل المواد للاستفادة منها وفي طرقها في التنفس، فمن الفطريات من تقوم بعملية التنفس الخلوي الهوائي أي بوجود الأكسجين ومنها ما يقوم بالتنفس تنفساً لا هوائياً أي بغياب الأكسجين، كما أنّ هنالك بعض أنواع الفطريات كالخميرة على سبيل المثال والتي تستطيع التنفس هوائياً عند وجود الأكسجين ولا هوائياً في حال غيابه.

فالتنفس الهوائي هو التنفس الذي تقوم به الكائنات الحية باختلاف أنواعها وهو بحاجة للأكسجين للقيام به فتعمل على سحب الأكسجين من الهواء الجوي وتفاعله في الجسم خلال سلسلة من التفاعلات والتي تحتاج إلى السكر أيضاً للقيام بهذه العملية من أجل انتاج الطاقة التي يحتاجها الكائن الحي عن ريق تفكك الروابط بين المركبات التي تدخل في التفاعل بالإضافة إلى انتاج بخار الماء وثاني أكسيد الكربون كنواتج لسلسلة التفاعلات التي تعرف بالتنفس الهوائي.

أمّا التنفس اللاهوائي فهو التنفس التي تقوم به الكائنات الحية كالفطريات عند عدم وجود الأكسجين أو نقصه في الجو المحيط بها، حيث أنّ أكثر الكائنات الحية التي تلجأ لهذه الطريقة للتنفس هي الكائنات التي تعيش أسفل المياه أو في مقربة من البراكين، ومن المهم الإشارة إلى أن نواتج التفاعلات اللاهوائية من ثاني أكسيد الكربون وبخار الماء والطاقة والتي تعتبر الأهم تكون أقل بكثير من الطاقة التي تقوم سلسلة التفاعلات الهوائية بإنتاجها.

والفطريات لا تعدّ كالنباتات إذ أنّها لا تملك التركيب المعقد الذي تملكه النباتات ولا تحتوي على مادة الكلوروفيل كما في النباتات فلذلك لا تستطيع الاستفادة من أشعة الشمس بفعالية كما تفعل النباتات هذا بالإضافة إلى نموها في باطن الأرض بعيداً عن أشعة الشمس والهواء، لذلك تقوم الفطريات في العادة بسحب الهواء من داخل التربة بحيث تحتوي الفرغة على مسامات يتغلغل الهواء في داخلها، وتقوم الفطريات بذلك عن طريق ما يشبه الخيوط أو الشعر والذي ينمو على سطحها بحيث تعتبر هذه الخيوط كما الجذور في النبات إلّا أنّ هذه الخيوط تستطيع التغلغل في المسامات الدقيقة الموجودة في التربة والتي لا تستطيع جذور النباتات الوصول إليها وتقوم بسحب الهواء والمواد المعدنية منها.